Van Leeuwen-orgel
De Nieuwe Kerk heeft in de loop der eeuwen verschillende orgels gekend. Het huidige Van Leeuwen-orgel is gebouwd in 1954, ter vervanging van het Kam-orgel dat in mei 1940 verloren is gegaan door oorlogsgeweld.
De orgelkas is afkomstig van het Duyschot-orgel (1693), dat tot 1884 dienst had gedaan in de Oude Lutherse Kerk te Amsterdam. Voordat de kas naar Middelburg verhuisde was deze ondergebracht in het Rijksmuseum te Amsterdam. Het pijpwerk van het Duyschot-orgel is in 1884 verloren gegaan.
Orgelbouwer Willem van Leeuwen te Leiderdorp bouwde in 1954 een geheel nieuw binnenwerk in de oude kas. Het pijpwerk van het pedaal werd geplaatst in een speciaal hiervoor aangebrachte nis in de muur rechts naast het instrument, dit vanwege de geringe ruimte in de orgelkas. Van Leeuwen heeft een veelzijdig orgel opgeleverd en dat mag zeker gezien de tijdgeest en de beperkte mogelijkheden als een bijzondere prestatie worden beschouwd.
In 2001 zijn de orgelkas, de beschilderde luiken en het beeldhouwwerk gerestaureerd. Het uiterlijk van het instrument kreeg hierdoor zijn oude glans weer terug. In 2004 voerde Flentrop Orgelbouw te Zaandam een grote restauratie uit. Bij deze restauratie zijn de Veka-slepen vervangen door klassieke eiken slepen. Verder is het orgel schoongemaakt, is de speelaard verbeterd, hebben er opschuivingen plaatsgevonden in de vulstemmen, zijn de tongwerken gereviseerd en is de intonatie geoptimaliseerd. De Trompet 4′ van het bovenwerk werd omgevormd tot een Schalmey 8′.

Dispositie
Hoofdwerk | Rugwerk | Bovenwerk | Pedaal | ||||
Quintadeen | 16′ | Holpijp | 8′ | Baarpijp | 8′ | Prestant | 16′ |
Prestant | 8′ | Quintadeen | 8′ | Spitsgamba | 8′ | Octaaf | 8′ |
Roerfluit | 8′ | Prestant | 4′ | Fluit | 4′ | Octaaf | 4′ |
Octaaf | 4′ | Speelfluit | 4′ | Roerquint | 2 2/3‘ | Ruispijp | 6 st. |
Nachthoorn | 4′ | Octaaf | 2′ | Vlakfluit | 2′ | Bazuin | 16′ |
Spitsquint | 2 2/3‘ | Gemshoorn | 2′ | Sifflet | 1′ | Trompet | 8′ |
Octaaf | 2′ | Quint | 1 1/3‘ | Cymbel | 3 st. | Cornet | 4′ |
Mixtuur | 5-8 st. | Sexquialter D | 3 st. | Trompet | 8′ | Zink | 2′ |
Cymbel | 4 st. | Scherp | 3-6 st. | Schalmey | 8′ | ||
Trompet | 16′ | Dulciaan | 8′ | Vox Humana | 8′ | ||
Trompet | 8′ | Tremulant | Tremulant | ||||
Klaroen | 4′ |
Hoofdwerk-Rugwerk
Hoofdwerk-Bovenwerk
Pedaal-Hoofdwerk
Pedaal-Rugwerk
Pedaal-Bovenwerk
Stemming: evenredig zwevend/a’ = 440 Hz
Klavieromvang: C-g3
Pedaalomvang: C-f1